Druhá světová válka
Škody na železničním zařízení, které napáchali Poláci v době své okupace, byly urychleně odstraňovány, byl vybudován Skřečoňský nadjezd, stanice byla vybavena novým zabezpečovacím zařízením, které v té době patřilo k nejmodernějším. V té době bylo postaveno 12 elektrodynamických a mechanických stavědel, které se vlastně zachovaly až do kompletní rekonstrukce nádraží v roce 2006. Nově bylo vybudováno vjezdové nádraží (šunychelské), odstavné nádraží (říkalo se mu židovské – budovali ho židovští vězni) a zevní nádraží (Vrbice) s nadjezdem. Obnoveno bylo i kolejiště na vnějším nádraží, byla postavena nová sedmipatrová administrativní budova (v areálu bohumínského depa), depo na levém přednádraží bylo rozšířeno a začalo se s budováním motorové remízy.
Během válečných let došlo i ke dvěma velkým nehodám přímo ve stanici. V srpnu roku 1942 najel v plné rychlosti nákladní vlak s válečnou kořistí z Ukrajiny u stavědla 1 na vlak stojící u vjezdového návěstidla. Nehoda si vyžádala 1 lidský život – návěstník stojícího vlaku byl usmrcen, a také velké materiální škody – od několika úplně zničených vozů, jejichž obsah byl rozmetán do širokého okolí až po téměř zničenou lokomotivu. Následky nehody byly velmi rychle odstraněny – provoz byl obnoven během několika málo hodin.
Druhá velká nehoda se stala v 1943 na levém přednádraží. Vlak vezoucí zvláštní oddíl gestapa a cvičené psy najel na zarážedlo kusé koleje u stavědla 7. Několik vojáků zemřelo, řada dalších byla zraněna a bylo nutno také utratit několik vycvičených vojenských psů. Němci nařídili důkladné vyšetřování, výpravčímu Glazowskému i celému osazenstvu stavědla 7 hrozilo, že budou zastřeleni, ale nakonec byl výpravčí pouze disciplinárně potrestán.
V rámci masivního bombardování Moravské Ostravy bylo shozeno množství tříštivých bomb i na oblast Bohumína a nádraží. Přestože bylo vybudováno několik krytů (u opravny vozů, v Mexiku u odjezdového tranzita, naproti nádraží vedle spořitelny, u lokomotivního depa, u stavědel studnové kryty pro obsluhu stavědel), a provedena další opatření (zesílení stropů sklepů v hlavní budově a na nocležnách vlakových čet), bombardování značně poškodilo staniční zařízení a vyžádalo si ztráty na životech. 29.srpna 1944 v 10 hodin dopoledne dopadly bomby na celní budovu, dobytčí rampu, kde byl zničen muniční vlak, čímž došlo k poškození a zničení i dalších vozů v blízkosti vlaku, váhu v Mexiku, levé přednádraží, jižní trakt přijímací budovy, odbavovnu zavazadel a zboží a překladiště. Zasaženy byly i budovy v těsné blízkosti nádraží. Poškozeno bylo 120 výhybek, úplně bylo zničeno 6 uzavřených nákladních vozů, 6 cisteren, 11 dalších vozů, poškozeno bylo 32 vozů těžce a 47 lehce. Zničeno bylo kabelové telefonní spojení.
Při bombardování bylo na nádraží zabito 47 železničářů a 19 dalších bylo těžce zraněno. Ani civilní obyvatelé nezůstali ušetřeni – třípatrová rohová budova naproti nádraží, pod níž byl protiletecký kryt, dostala přímý zásah a 28 osob bylo v tomto krytu zabito. Rohová budova stojí sice ještě dnes, ale pouze její přízemní část.
Přestože bombardováním neutrpěl Bohumín ani nádraží příliš citelné a rozsáhlé škody, mělo svůj nezanedbatelný psychologický účinek. Obyvatelstvo se na dlouhou dobu ze strachu před dalšími nálety uchylovalo do okolí města a ukrývali se v okolních polích. Vedení železniční stanice se dalších náletů obávalo rovněž, vědomi si toho, že větší rozsah škod by měl na dopravu velmi citelný vliv. Proto si prosadili vybudování tzv. Waldhofské spojky, která byla položena na hlavní trati bývalé SDF a KBD mimo nádraží a v případě jeho poškození či zničení by mohla vést doprava z Ostravy do Orlové právě po této spojce. Naštěstí k dalšímu náletu již do konce války nedošlo.
Počátkem roku 1945 bylo již jasné, že konec války se nezadržitelně blíží. Dne 26.ledna 1945 byly ze stanice odvezeny veškeré osobní doklady, další archivní materiály a různá kancelářská zařízení. Tyto materiály byly v nákladních vozech odvezeny do stanic Jistebník a Suchdol nad Odrou. Velká část z nich ale byla v bojích zničena a v archívu se zachovalo jen velmi malé procento materiálů a dokladů.
Nakonec museli ustoupit i Němci a stanici vyklidit. Ještě před ústupem však němečtí vojáci stačili totálně zničit téměř celé nádraží a zařízení. Vytrhali hlavní koleje, zničili výměny, demontovali nebo zničili zařízení stavědel a zabezpečovací zařízení, zničili nebo odvezli všechny lokomotivy. Úplně zničili i Skřečoňský most a těsně před ústupem i hraniční most přes řeku Odru. Těsně před příchodem Rudé armády nádraží i město v noci ze 30.dubna na 1.května 1945 němečtí vojáci bez boje opustili.